Genómica

La ECAI de Genómica da servicio de Secuenciación y genotipado  a media-alta escala.  Además, nuestra amplia experiencia en estas técnicas nos permite ofrecer el asesoramiento técnico y metodológico  que se requiera en cada momento. Existiendo dos modalidades:

  • Acceso temporal a los investigadores que necesiten de sus instalaciones para realizar los proyectos de investigación financiados por los distintos programas.
  • Servicios externos a Instituciones Públicas y Privadas en todo el ámbito estatal e internacional, en actividades relacionadas con el análisis genético.
  • Objetivos
  • Servicios
  • Equipo
  • Procesamiento y análisis genómico/secuenciación de muestras de investigación básica y clínica.
  • Asesorar a los usuarios en todas las técnicas genómicas/secuenciación.
  • Formar en genómica/secuenciación mediante cursos y seminarios de divulgación y especialización.
  • Mejora continua de los servicios ofrecidos.
  • Incorporación de nuevas técnicas y actualización de las ya establecidas.

Secuenciación

Secuenciación de ADN por el método de Sanger.

Se dispone del equipo 3130XL  que ofrece la secuenciación automática de ADN mediante electroforesis capilar y el sistema de terminadores fluorescentes BigDyeTM de Applied Biosystems, obteniéndose lecturas de hasta 1000 bases por reacción a partir de plásmidos, productos de PCR, cósmidos, fagos o BACs.

En este equipo se pueden realizar análisis de fragmentos de ADN marcados con fluorocromos. Permite combinaciones de fluorocromos (6-FAM, HEX, NED, ROX, VIC, PET, LIZ) para el genotipado múltiple.

Secuenciación de ADN por el método de Pirosecuenciación

Ultrasecuenciación en 454  GS Junior Las tecnologías de secuenciación masiva permiten reducir costes en los análisis, simplificando la metodología de trabajo y aumentando la capacidad y velocidad de secuenciación para un gran número de muestras o para muestras que requieren estudio de un gran número de genes.

Utiliza la misma química Titanium de secuencias largas que el GS FLX para producir secuencias largas de alta calidad fácilmente analizables con multitud de herramientas bioinformáticas.

El pequeño tamaño de los diferentes archivos y datos permite un análisis directo en el servidor que acompaña al GS Junior System, sin necesidad de complejas infraestructuras  informáticas.
Los sencillos protocolos de preparación de muestras, la rápida secuenciación y proceso de datos con los módulos de software especializados permiten abarcar un gran número de aplicaciones:

  • Secuenciación de novo de genomas de virus, bacterias y hongos.
  • Secuenciación de transcritos completos en transcriptomas microbianos.
  • Secuenciación de decenas a cientos de amplicones y loci.
  • Secuenciación de regiones capturadas con arrays de captura de baja densidad.
  • Descubrimiento de patógenos
  • Metagenómica.

PyroMark Q96 ID El pirosecuenciador PyroMark Q96 ID es un sistema totalmente integrado que proporciona información en tiempo real de secuencias y uno de los sistemas de referencia para la investigación epigenética y análisis genético. También permite la preparación de una sola hebra de ADN utilizando la estación de trabajo de vacío PyroMark Q96 ID.  Las aplicaciones son:

  • Herramienta de detección para investigación epigenética.
  • Cuantificación de sitios individuales CpG para expresión génica diferencial en tumores.
  • Plataforma muy adecuado análisis de diferencias en el ADN genómico, incluyendo la detección de mutaciones y la tipificación de SNP.
  • Ensayos KRAS: mutaciones en genes implicados en numerosos cánceres humanos.
  • En otras disciplinas: estudios de desarrollo de resistencia a drogas en patógenos, polimorfismos en las muestras forenses de ADN mitocondrial.

Genotipado

El Genotipado se puede realizar usando aplicaciones en los equipos de secuenciación. Además de forma específica para el genotipado la ECAI dispone de un equipo de alto rendimiento llamado  TaqManOpenArray (AppliedBiosystems). Esta se  basa en la química de sondas Taqman pudiendo determinar hasta 256 ensayos en 12 muestras al mismo tiempo, además de   otros posibles formatos. El tamaño mínimo de pedido es de 960 muestras y se va hacia arriba en incrementos de conjuntos de 10   (el número de muestras por cada conjunto de diez arrays depende del formato). 

En la Plataforma de Secuenciación y Genotipado se  gestionan otros equipos de uso autónomo, como son los de PCR en tiempo real :

  • 480II  LightCycler de Roche, un equipo
  • 7500Fast de AppliedBiosystems,
  • y Rotor Gen 6000

En los sistemas 7500Fast de AppliedBiosystems, y Rotor Gen 6000, además de los experimentos de PCR cuantitativa es posible llevar acabo análisis genotípicos basados en curvas de fusión de alta resolución (análisis HRM).

Esta estructura común de apoyo a la investigación (ECAI) de Genética está acreditada según la Norma ISO /IEC 17025:2005).

Y participa en la evaluación externa de la calidad de estudios genéticos para diabetes monogénica acreditado (ISO 17043) (EQA).

  • Juan Miguel Gomez Zumaquero
  • Pablo Rodriguez Bada
Genómica