El IBIMA tiene encomendada su gestión a FIMABIS (Fundación pública andaluza para la Investigación  de Málaga en biomedicina y salud) , entidad vinculada a los Hospitales Universitarios Regional y Virgen de la Victoria de Málaga  y que pertenece a la red de Fundaciones gestoras de la investigación del Sistema Sanitario Público de Andalucía.

Las unidades de gestión son unidades compartidas entre IBIMA y FIMABIS y se encuentran bajo la dirección del Director Científico y del Gerente de IBIMA. En lo referente a asuntos económicos y de gestión del IBIMA, dependen funcionalmente del Gerente.