Genómica

ADN por el método de Sanger.

3130XL. 3130XL. Secuenciación automática de ADN mediante electroforesis capilar y el sistema de terminadores fluorescentes BigDyeTM de Applied Biosystems, obteniéndose lecturas de hasta 1000 bases por reacción a partir de plásmidos, productos de PCR, cósmidos, fagos o BAC.

En este equipo se pueden realizar análisis de fragmentos de ADN marcados con fluorocromos. Permite combinaciones de fluorocromos (6-FAM, HEX, NED, ROX, VIC, PET, LIZ) para el genotipado múltiple.
Y participa en la evaluación externa de la calidad de estudios genéticos para diabetes monogénica acreditado (ISO 17043) (EQA).

Ultrasecuenciación: Ion-S5

La ECAI de Genómica ofrece Servicio de Secuenciación Masiva o Next Generation Sequencing (NGS) utilizando la plataforma Ion-S5 de Thermo Fisher Scientific basada en la tecnología de semiconductores.
La Flexibilidad del sistema es debido a:

• Hay disponibles 3 tipos de chips con diferente rendimiento con la intención de dar cabida a las diferentes necesidades de cobertura (profundidad de lectura) según la aplicación o necesidad del investigador.
• Longitud de lectura: se pueden elaborar las librería con dos longitudes de lectura según aplicación (reads 200-400pb)
• Posibilidad de Multiplexar muestras (código de barras en adaptadores), es decir, introducir distintas muestras en la misma carrera de secuenciación, amortizando así la reacción y el experimento en general.

La plataforma de Ion Torrent ofrece una amplia gama de aplicaciones, destacando:

• RNA Seq (Estudios de transcriptómica)
• Chip-Seq, MNse-Seq
• De Novo
• Re-secuenciación en busca de variantes genéticas de todo tipo (AmpliSeq,etc..) a medida, de cáncer o enfermedades hereditarias entre otras
• Análisis estructurales de DNA (Aneuploidía, CNV, STRs,etc..)
• Perfiles de expresión génica de mRNAs y microRNAs a escala global (Small RNA-Seq)
• Estudios de metagenómica y epigenómica
• Tipificación bacteriana, viral.
• Secuenciación con fines diagnósticos de baterías de genes definidos como marcadores de susceptibildad
• Análisis de farmacogenómica a nivel de genoma completo.

Existen varias tecnologías que permiten la resencuenciación dirigida o enriquecimiento de librerías en dianas/genes de interés compatibles con la plataforma Ion Torrent:

• Ion AmpliSeq Panels (DNA/RNA) kits de Life Technolgies. Paneles para el estudio de grupos de genes específicos o regiones genómicas implicados, entre otros, en

– Cáncer (Cáncer, BRCA1/2, Lung & Colon,etc).
– Enfermedades hereditarias (Cardiovascular, Hematology, Autism, Dermatology, Deafnessetc).
– Enfermedades Infecciosas, Apoptosis.
– Identificación Humana (Aplicaciones Forenses).

• Ion TargetSeq Custom Enrichment de Life Technolgies (diseño a medida)
• HaloPlex Target Enrichment System de Agilent Technolgies (diseño a medida)

Pirosecuenciación. El pirosecuenciador PyroMark Q96 ID es un sistema totalmente integrado que proporciona información en tiempo real de secuencias y uno de los sistemas de referencia para la investigación epigenética y análisis genético. También permite la preparación de una sola hebra de ADN utilizando la estación de trabajo de vacío PyroMark Q96 ID.  Las aplicaciones son:

• Herramienta de detección para investigación epigenética.
• Cuantificación de sitios individuales CpG para expresión génica diferencial en tumores.
• Plataforma muy adecuado análisis de diferencias en el ADN genómico, incluyendo la detección de mutaciones y la tipificación de SNP.
• Ensayos KRAS: mutaciones en genes implicados en numerosos cánceres humanos.
• En otras disciplinas: estudios de desarrollo de resistencia a drogas en patógenos, polimorfismos en las muestras forenses de ADN mitocondrial.

La Plataforma de Secuenciación y Genotipado dispone equipos de uso autónomo, como son los de PCR en tiempo real

• 480II  LightCycler de Roche.
• 7500Fast de AppliedBiosystems,
• Stratagene Mx3005P

En los sistemas de PCR a tiempo real, además de los experimentos de PCR cuantitativa, es posible llevar acabo análisis genotípicos basados en curvas de fusión de alta resolución, sondas Taqman, análisis HRM etc .