El Protocolo de creación del Instituto (IBIMA) recoge que la Misión de IBIMA será la Desarrollar y potenciar un espacio de investigación Biomédica multidisciplinar, que integra principalmente grupos de la UMA y de los Hospitales General de Málaga y Virgen de la Victoria,  que contribuyan a fundamentar científicamente los programas y políticas del Sistema Nacional de Salud, potenciando preferentemente la investigación traslacional a nivel Biomolecular, Clínica, Epidemiológica y Tecnológica. La Visión del IBIMA como instituto de investigación biomédica es ser una organización proactiva e innovadora, referente nacional y europeo que quiere ofertar la mejor investigación posible en todo momento. El IBIMA debe consolidarse como la autoridad sanitaria de referencia para ciudadanos y profesionales sanitarios en las líneas de investigación que desarrolla y ofrecer garantía pública de una correcta práctica investigadora de calidad, eficacia, eficiencia y transparencia en su financiación. Los VALORES que sustentan el proyecto IBIMA son:

• Colaboración y Cooperación
• Transferencia del Conocimiento
• Responsabilidad Social
• Eficiencia
• Liderazgo y Compromiso
• Respeto
• Búsqueda de la Excelencia
• Calidad
• Transparencia