El IBIMA dispone de un Consejo Rector como el máximo órgano de gobierno del Instituto. Actualmente lo componen seis miembros:
Jesús Carrillo Castrillo.
Subdirector de Calidad, Investigación y Gestión del conocimiento
Isaac Túnez Fiñana.
Secretario General de Investigación, Desarrollo e Innovación en Salud
María del Mar Vázquez Jiménez.
Directora Gerente Hospital Regional Universitario de Málaga.
José Antonio Ortega Domínguez.
Director Gerente Hospital Universitario Virgen de la Victoria
Juan Teodomiro López Navarrete.
Vicerrector de Investigación y Transferencia. Universidad de Málaga.
Mª Ángeles Real Avilés.
Directora de Secretariado de Servicios e Institutos de Investigación. Universidad de Málaga.
